＝前半＝

プレイヤーは新米ガーディアンズ。
気難しい指導教官のライアと共にニューデイズへ実習訓練へ赴くことに。
ニューデイズで、ガーディアンズのトニオと再会するライア。
レオが長期休暇を取っていること、ライアがレオに好意を抱いていること、そして
封印装置防衛戦などで英雄視されていたはずのイーサン･ウェーバーが
総督暗殺未遂で指名手配され、現在も行方不明である事実が語られる。

＝1-A＝

ミズラキ保護区にて研修ミッション開始。
SEEDの影響で凶暴化した原生生物を排除しつつ、SEED汚染された植物を
ガーディアンズ装備「ゴーグル」で発見、データを確保する。
ミッション終了後、保護区の先にある中継地点へ向かうプレイヤーとライア。
途中、教団衛士の少女が倒れており、これを保護。彼女は記憶喪失らしい。
教団では無闇に素顔を晒してはならないという掟があり、顔を検めることはできない。
ライアはとりあえず彼女を連れて中継地点へ向かう。
途中、ローグスのボル三兄弟が「その子を渡せ」と戦いを挑んでくる

＝1-B＝

あっさりと兄弟を撃退するも、仮面の少女が何者かという疑念は増すばかり。
先に進むライアたちは墜落したローグスの飛行船（ボル兄弟が乗ってきた？）を発見。
この一帯はミズラキの巨大原生生物ゾアル・ゴウグが現れる危険地帯だという。
その後、墜落した教団所属の飛行艇も発見される。
仮面の少女はこれに乗ってきた・・・？何かを思い出しかける少女。
そこへゾアル・ゴウグが襲撃。

＝1-C＝

少女を避難させ、ライアとプレイヤーはこれを撃退。
だが少女の姿はない・・・こりないボル兄弟が攫ったのだ、とライア。
二人は中継地点へ急ぐ･･･

＝後半＝

兄弟を追うライアとプレイヤー。
ボル兄弟たちは、ストーリーモードの時の様に大量のガードナーマシナリーをけしかけてくる。

＝1-D＝

ようやくマシナリーを撃破した先は、大量のトラップ地帯だった。
空中機雷、爆発するコンテナ、火炎放射器を抜け、兄弟を追い詰めるプレイヤー達。

＝1-E＝

やはり仮面の少女は彼らが連れていた。
「殺すなら殺せ」と意気込むボル兄弟、そこへローグス随一のタイラー一家の片腕・リィナと共に
あのイーサン・ウェーバーが現れ「彼らを見逃してくれ」と言ってきた。
激昂するライアはイーサンたちと戦うことに。

＝1-F＝

強烈な攻撃を繰り出すイーサン、その腕は噂以上であった。
戦いは長引く中、ボル兄弟は逃亡。猶も戦おうとするイーサンを止めたのは仮面の少女だった。
「もういいんだ、イーサン！」
イーサン･リィナは逃亡、記憶を取り戻した少女はただ苦悩し沈黙するばかりだった。
仮面の少女を教団へ送り届けたライアたちは、星霊主長ルツと会見する。
ルツはイーサンが巫女を誘拐しようとしていた、という。
仮面の少女は幻視の巫女であった。
イーサンと巫女の関係、大きな謎が残ったまま、研修は終了した。

プレイヤーはひたすらお辞儀しつづけだった。お辞儀オンラインの始まり始まり･･･

＝クリアでライアのパトカ入手＝

＝前半＝

プレイヤーの次の任務は第三惑星モトゥブ。
モトゥブ支部のルウからの要請で、イーサン・ウェーバーの潜伏可能性がある廃坑を要請する。
シティで聞き込みを進め、酒場でボル三兄弟に再会。
イーサンを匿っているとされるローグス・タイラーの居場所を問い詰めると、クグ砂漠にアジトがあるという。
下っ端はこれ以上詳細をしらないだろうというルウに従い、3人は自力でクグ砂漠を捜索することに。

＝1-A＝

封印装置防衛線の野営基地からスタート。
この一帯は浄化が済んでいた筈だが、そこに何故かニューデイズの原生生物・ゴーモンの姿が。
空中機雷が多数しかけられているだけでなく、ヴァーラやジャーバなどパルムの原生生物も。
何者が原生生物を密輸したのか、当惑しながらも奥へと進み、ローグスのアジトを発見する。

＝1-B＝

アジトには下っ端が二人。ボスを出せ、というライアに襲い掛かってくる。
あっさり撃退すると、そこのボスのタイルという男が。人違いだったらしい･･･
だが、謎の怪電波が発生していることが判明。先ほどの原生生物も気にかかる。
ライアたちは再び調査を開始することに。

＝後半＝

怪電波の発信源は、別の廃坑の一つ。
そこには大量のトラップと、またも密輸らしき原生生物郡がいた。

＝1-C＝

原生生物を制圧しつつ奥へ進むと、GRM製らしきの端末を発見。
ルウの調査の結果、どうやら原生生物をSEEDフォーム化するための違法実験場らしい。
そこへ謎の熱源が接近。解体されたはずのエンドラム機関のマシナリー、グリナビートが襲い掛かる。

＝1-D＝

このグリナビートは、どうやらこれはエンドラム解体後に新たに建造されたらしい。
とても残党の反旗では説明のつかない事態に、ライアは深入りを避け撤退を決める。
が、廃坑から脱出中、エンドラム残党兵たちに遭遇。

＝1-E＝

残党兵たちはマシナリーも起動させ襲いかかる。
ようやく外へと脱出した3人の前に、あのマガシが現れた。
「私はイルミナスのマガシだ」という彼は、マガス・マッガーナで襲い掛かる。

＝1-F＝

予想外に脆いマッガーナ、ルウはマガシが劣化クローンだったためだという。
謎のSEED研究、遂に姿を現したイルミナス、そしてマガシ。
イーサンの調査は失敗し、更なる暗雲が立ち込めつつある。

結局ルウはプレイヤーを完全に無視しきった。

＝クリアでルウのパトカ入手＝

＝前半＝

研修も終了し、ようやく正式なガーディアンズになったプレイヤーだが、初任務の前に機密保持契約のサインを求められる。
自身への信用がないのかと憤るライア、そこに今回のパートナー、ヒューガが現れる。どうやら大掛かりな作戦らしい。
なおも納得のできないライアを諌めたのは、同盟軍のカーツだった。
ミッションルームに集まったライアたちに説明をするカーツ。今回は同盟軍と共同でHIVEを掃討するらしい。
HIVEは一つではなくSEED汚染された衛星の総称で、SEEDの脅威はまだ消えていないのだ。
以前のように（ストーリーモード最終章）大火力で殲滅も出来るものの、その場合は
Aフォトンが散布されSEEDを活性化させてしまう危険性があった。
よって内部に侵入、リアクター自体を停止･･･「撃破」ではなく「生け捕り」にせねばならないのだ。
最近、長期休暇をとるガーディアンズが多かったのはこのためだった。
皮肉なことに今回向かうHIVEは同盟軍内で「ライア」と呼ばれていた。
以前爆破されたものは「ハル」、人気レポーターだがキャスト間では嫌われているらしい。
憮然とするライアに「・・・すまない」と謝るカーツ。
HIVEに到着した一行は、ガーディアンズチームと同盟軍、二手に分かれて進むことに。

＝3-A＝

HIVE内部はSEEDフォームが多数生息していた。殲滅しつつ中央制御室へ向かう。
ようやく中継地点というところで、ライアたちはGRMの機械端末を発見する。
それは以前モトゥブで見たものと同じだった。ヒューガは何かに気付いたようだが･･･
その先で、先行していたガーディアンズたちの亡骸を発見する。
その中には「新婚旅行に行く」と言っていた、ライアの教え子の姿もあった。
同盟軍も同様に多数の犠牲者を発見したという。
先を急ぐライアたちは、再び多数のガーディアンズの亡骸に遭遇。
そこには虫の息のレオの姿があった。
一命を取り留めるも気絶したレオ。ライアはヒューガに彼をシャトルまで運ばせる。
ようやく助けることが出来た命だった。

＝後半＝

ヒューガと別れ、ライアと二人になったプレイヤー。
カーツたちは先に制御室へ到達したが、シャッターが開かない。
電源端末はライアたちの近くにあり、プレイヤーはこれらを操作して開放させることに。

＝3-B＝

5つの端末を起動、カーツたちは制御室へ入った。先を急ぐライアたち。
道中でまたガーディアンズの生存者を発見する。
レオとは違い、意識もなくただ苦しそうにうめくばかり･･･
ライアと連絡をとるヒューガは、その生存者たちの異変に気付く。
生存者のガーディアンズは突如SEEDフォームへと変容、襲い掛かってきた。

＝3-C＝

何とかSEEDフォームを撃退したライアたち。
ヒューガから、以前もタラギ博士が同様に人間からSEEDフォームへ変容した事実を知らされる。
そこへカーツから通信が入るが、突如途絶えてしまう。
制御室へ急ぐライアたち。
ようやくたどり着いた制御室で見たものは、あの「ダルク・ファキス」に苦戦するカーツの姿だった。

＝3-D＝

カーツと共にDFを倒し、甚大な被害を出したもののHIVE掃討作戦はかろうじて成功を収めた。
しかしGRM端末は一体何のためにあったのか？レオは、自分はGRM研究員の保護が任務だったと語る。
これは一体どういうことなのか･･･おそらくカーツもまた、何も知らされていないのだろう。
初任務は成功を収めたが、更なる疑念がガーディアンズの間で高まりつつあった。

ライアが「頼りになる」と評価してくれたものの、結局それ以外のNPCからはガン無視されるプレイヤーだった。
サー、マトモに相手してくれるのはカーツ大尉だけです、サー。

＝クリアでヒューガのパトカ入手＝

＝前半＝

HIVE浄化に成功したプレイヤー・ライア・ヒューガは、急ぎSEEDウイルスの検査を行う。
キャストであるカーツら同盟軍と違い、生身であるヒトはSEED変容の危険性もあるのだ。
（プレイヤーがキャストの場合、今回のような場面では多少台詞が変更される）
子供のように検査を恐れるライアに、ヒューガは「星霊のご加護がある」と余裕綽々。
（プレイヤーがキャストの場合、ライアのしおらしい台詞が聞けて噴く）
待合室で待機する3人に告げられたのは、意外なことにヒューガのみ再検診という結果だった。
気を落とすヒューガをからかうライアだが、そのライアも別室へ移動を指示される。
弱気なライアがプレイヤーに付き添われて向かったその先には、マヤがいた。
検査嫌いのライアを驚かせようとしたのだ。
マヤからSEEDウイルスのことを聞くライア。マヤはSEED抗体の研究をしていた。
ヒューガの再検査は彼が以前HIVEへ攫われたことが原因かもしれない。
マヤは自分も同様に実験体にされているかもしれないこと、そして人体がSEEDフォームへ変容すること、
自分とヒューガに専用の抗体ワクチンを定期的に接種していることを告げる。
しかもSEEDに接触したことのないはずの民間人からも発症例があるのだという。
タラギ教授のためにも、マヤはSEEDワクチンを研究しているのだった。
そこへ突然の警報が鳴り響く。爆発事故で検体サンプルの原生生物が逃げ出したのだ。
区画に詳しいマヤを加え、3人は原生生物の鎮圧に向かう。

＝4-A＝

炎のくすぶるエリアを鎮圧したライアたち。誰かが操作しない限り原生生物が逃げ出すことはありえない。
やはりこれはイルミナスの仕業に違いない･･･しかも証拠をあえて残す真似をしているとは。
謎は残るものの、今は救助がを優先しなくては･･･

＝後半＝

奥の区画へ進むライアたちは、退院したばかりのレオ・トニオと出会う。
レオにほれ込んでいるライアをからかうマヤだったが、再び警報が。
この先の区画を閉鎖・分断するという。まだ救助を求める人々がいるのに！
レオとトニオを官制室へ向かわせ、ライアたち3人は制限時間までに要救助者を探すことに。

＝4-B＝

無事に全員を救助したライア。
引き続きガレキの下から民間人を救出したが、それはあのイーサンの妹・ルミアだった。
イーサンの妹ということで保護されていたはずなのに･･･内通者がいるのだろうか？
その先にはネーヴ校長が。現在ガーディアンズ総動員で、総裁まで前線に出ているという。
ネーヴに合流したマヤと別れ、ライアとプレイヤーは先へ進む。

＝4-C＝

原生生物を鎮圧したライアたち、そこへ総裁が現れる。
「ちょっと外してくれないか」
プレイヤーに対してあまりにもあまりな台詞。所詮はガーディアンズも民間企業。
総裁はライアの養父であった。久しぶりの親子の再会だが、ライアはぎこちなく立ち去ってしまう。
「君、ライアをよろしくな」
後を追うプレイヤーに、ライアは自分の過去を少しだけ話してくれる。
ライアもまた父親を大事に思いながら、なかなか素直になれないようだ。

ネーヴ・マヤと合流し、本部へ帰還しようとした時、ルウから連絡が入る。
ガーディアンズで保護していたはずのトムレイン博士が、この騒ぎの中で誘拐されたらしい。
すべては博士誘拐のためのカモフラージュだったのだ。

プレイヤーはライア親子以外からは無視され続けた。その親父も･･･
だんだんライアだけが友達な気がしてきた･･･

＝クリアでマヤのパトカ入手＝

＝前半＝

G本部でライセンスを更新するプレイヤーとライア。今回も極秘任務だがルウ曰く「総裁からサイン不要の通達が」
近々昇進ですか、とのミーナに「ただの気まぐれ」とかわすライア。
ミッションルームでルウから説明を聞く二人。今回のミッションはモトゥブの廃坑、ビスタニア鉱山。
イルミナスの内通者だったガーディアンから得た情報で、そこにトムレイン博士がいるかもしれないという。
内通者はロブリル・マナート、パルム出身のヒューマンでヒューマン原理主義者。
知らない名前だが、もし裏切り者がいたら顔見知りでも容赦しないとライアは意気込む。
このまえ「頼りになる」って言ってくれたのは嘘だったのかコラ獣。

モトゥブ到着後、待っていたのはネーヴ先生。今回は最重要任務であるため、ネーヴが同行するという。
「もし今度ケツを触ったら緊急事態でもすぐ帰るからね！」とライア。

鉱山地帯。廃坑のどこかにイルミナスの隠れ家があるかもしれない、という。
荒れ果てた鉱山についたプレイヤーとライアに、ネーヴはビースト種族の歴史を語る。
それは、モトゥブは元々ヒューマンの星で、ビーストは奴隷種族として作られたという事実。
500年に渡る戦争は、ビーストにとっては奴隷解放戦争であった。
それを再び逆行させようとするイルミナスへ、ライアは怒りを新たにするのだった。

探索を続ける3人、そこにはまたGRMの端末があった。やはりこの先にアジトがあるらしい･･･

＝5-A＝

鉱山地帯を回り原生生物たちを排除しつつ、アジトの入り口を探す3人。
奥に進んでゆくと、ついにグリナビート・バグスが現れた。やはりここにイルミナスのアジトがあるのだ。

マシナリーを排除し、入り口に近づく。と、ライアが突然走り出す。イーサンがいた、というのだ。
なおもイーサンを信じるネーヴに、ライアはさらにいらだちを抑えきれない。
興奮するライアを一喝し、一旦頭を冷やすことに。

＝後半＝

やはりここがアジトのようだ。3人は慎重に潜入を開始する。
そこには多数のトラップと原生生物がうごめいていた。

＝5-B＝

アジトの奥には謎の装置が。ここはイルミナスの新型Aフォトン爆弾の製作工場らしい。
と、そこにあのイーサンが。激昂するライアに「装置が爆破するぞ！」と叫ぶイーサン。
イーサンが言うには、ここはAフォトン爆弾「ガジェット」の試作場で、既に量産体制に入っているという。
SEED共々、ヒューマン以外の種族を根絶やしにするためのイルミナスの兵器なのだ。
トムレイン博士もここで爆弾の製作を手伝わされていたらしいが、既に引き上げた後らしい。
トムレイン博士誘拐を問い詰めるライアに、イーサンは無関係だとつっぱねる。
ガーディアンズに戻れというネーヴだが、イーサンは「何を信じたらいいのかわからない」と断る。
「総裁の信頼を裏切ってるんだよ！」と激昂するライア。
何も言えずに立ち去るイーサンを、ネーヴは見逃す。
「あやつは決してウソを言う男ではない･･･」
結局、イルミナスの新兵器の情報を得たものの、トムレイン博士救助は失敗した。
そこへマヤから緊急連絡が入る。今度はヒューガが行方不明になったのだ･･･

＝パトカ入手なし＝