＝前半＝

Gコロニーがパルムへ落下して数ヶ月。
甚大な被害から復旧できないGコロニーとパルム、大規模な住民の浄化により世紀末世界と化したモトゥブ。
LSSで被害を免れたニューデイズは我関せずの沈黙を守り続ける。世界は分断されていた。
ガーディアンズも総裁や多くの仲間を失ってはいたが、生き残ったメンバーは各々救護活動を開始していた。

G本部。
プレイヤーはマヤの依頼でパルムへ向かう。ライアローゼノムシティの難民キャンプで見たという情報があるのだ。
そこへガーディアンズへ入隊したルミアが現れる。自分もガーディアンズなのだから連れていってほしい、と。
愚図るルミアに、しぶしぶならが同行を許すことに。
私服で仕事はどうか、ということで、ルミアはマヤからお古の服を貰えたのだった。

パルム。
初めての大地に浮かれるルミアを厳しく諭すマヤ。もう遊びではないのだ。
一行はコロニー落下被害の最も大きかったローゼノムシティへ向かう。
原生生物を排除しつつ奥へ。

＝1-A＝

原生生物が進入したエリアを抜けると、そこからはコロニーの残骸が見えた。
パルムに突き刺さるGコロニーは、まさにガーディアンズの敗北を象徴するモニュメント。
だが、今はできることをするしかない。

＝EP3第4章をクリア後、上記1-AをS評価で追加イベント＝
何と、帽子のないルウが倒れている。どうやらエネルギーを使い果たしているようだ。
もう動くこともないようだが、復旧の見込みはある。マヤは本部へ回収を依頼した。

難民キャンプ。
多くの人々が苦しい生活を送っていた。
自分たちを守ってくれなかったと、ガーディアンズへ殺意をむき出しにする難民たち。
同盟軍の生き残りのキャストが助けに入るが、彼もまたリンチで瀕死の重傷を負っていた。
何とか逃げ延びたものの、あまりの悲惨な状況に泣き出すルミア。
それでも、これが現実。3人は決意を新たに、ライアを探す。

＝後半＝

あっさりライア発見。
しかし彼女はもうガーディアンズへは戻らない、という・・・
と、そこへ難民の少女が。暴走キャストから逃げる途中、母親とはぐれてしまったらしい。
プレイヤーとルミアは彼女を逃がすため、難民の少女・クラインを暴走キャストから護衛しつつエリアを抜けろ！

＝2-B＝

無事に安全区域まで突破した3人。安心した途端、ルミアは震えが止まらない。
素人は帰れと言い放つライアに、ルミアは貴方こそ早く戻れ、と言う。
ガーディアンズには貴方が必要なのだ、と。

クラインを送るマヤとルミア。
二人だけになったライアは、プレイヤーが逞しくなったと語る。ルミアは正論だ、とも。
そこへイーサンが合流。彼もまたライアを探していたのだ。
そこへグラスアサッシンの群れが。3人は久しぶりに共闘する。

＝3-D＝

3人の前には、この程度など問題にならない。
なおも説得に応じないライアに、マヤとルミアが合流。
イーサンはルウが記録していた、ダルガン総裁との最後のやりとりを聞かせる。
ライアに総裁となってガーディアンズを導いてほしい、と。
このまま4種族がバラバラのままでいいのか。イルミナスの思い通りで。
遂にライアはガーディアンズ復帰を決意する。
そしてまた、プレイヤーは教官としてルミアを指導していくことに。
しかしイーサンはまた父親を追うため、一人去っていった。

ガーディアンズ本部。
レオ、トニオ、ミーナら生き残りのメンバーがライアを迎える。

グラールチャンネル5が大きなニュースを報じていた。
行方不明だったライアがガーディアンズ新総裁として復帰した、と。
早々にベクタートラック復旧の陣頭指揮を執り、総裁として任務に邁進しはじめている。
だが、問題はまだまだこれからだ。

ガイークの酒場は盛り上がっていた。
あのライアなら、きっともう虐殺のような真似はすまい。
ビースト万歳！ガーディアンズ万歳！
イーサンは、そんな様子を微笑んで見ていた。

＝クリア後、ルミアのパトカ入手＝

＝前半＝

ライアが新たな総裁となり、復興は進みだした。だがまだ各組織からの協力は取り付けていない。
モトゥブはマフィアのボスたちが死亡し、全くの無政府状態だったが
強大なマフィアがこれをまとめ上げ、新生ローグスと名乗っているという。
そこへ協力の打診を送ったものの、返答はガーディアンズを認めないという内容。
ライアはプレイヤーと新人・ルミアを連れて直接交渉に乗り込む。

新生ローグスアジトに到着した一行。
最小限のメンバーで彼らを打ち倒し力をみせつけてやる、と意気込むライア。
洞窟の中はまるでガーディアンズを試すかのごとく、トラップとマシナリーだらけだった。

＝2-A＝

アジト最深部は何やら豪奢な建物が。
やはり新生ローグスのボスはアルフォート・タイラーだった。
イベントで一瞬会っただけなのにライアやプレイヤーのことを覚えている様子。
返答は変わらないとつっぱね、力をみせてやるというタイラーに、ライアは戦いを挑む。
･･･え、ライアさん？その会話の流れだと普通タイマンだよね？こっち普通に3人がかり？

＝2-B＝

タイラーに勝っても負けても結論は同じで、彼は協力をしないと言って譲らない。
浄化のための住民虐殺はやはりビーストたちに絶対的な不信感を抱かせていたのだ。
そこへ北方洞窟でSEEDフォームが現れ、ローグスの仲間たちが取り残されたとの知らせが入る。
SEEDウイルス対策のないタイラーは断腸の思いで彼らを見捨てようとする･･･が
ライアたちガーディアンズはそんなタイラーにかまわず、彼らの救助へ向かう。

＝後半＝

北方大陸の氷の洞窟。
入り口で生き残りのローグスからセンサーを譲り受け、生き残りのローグスを助けるべく
複雑な大洞窟の奥へと向かう。

＝2-C＝

氷の中へ落ち込んで凍り付いていたのは、あのボル三兄弟。どうやら生きてはいるらしい。
そこへタイラーが現れる。やはり仲間を見捨てることはできなかったのだ。
だが突然起こる地響き。地下で発見された太古のSEEDフォームが目覚めた？
ライアとプレイヤーは、タイラーの案内でこれを撃破することに。

＝2-D＝

無事にディー・ロレイを撃破した3人。
妙に通信状態が悪いが、どうやら三兄弟は無事に保護、ガーディアンズも連絡がとれたらしい。
組織を束ねる新たなリーダーとして思い悩むライアとタイラーは、ようやく和解。
新生ローグスの全面的協力をとりつけ、ライアは新総裁として大きな前進をした。
そこへ本部からの緊急通信が入る。何と巨大なHIVEが発見されたという･･･

＝EP2第10章クリア後、上記2-Bでタイラーを倒している場合、タイラーのパトカ入手＝

＝前半＝

謎の巨大HIVEは惑星サイズ。どうやら異次元からナノトランスしてきたらしい。
こちらはとりあえずトムレイン博士らの調査を待つことに。

プレイヤーたちはニューデイズへ向かうことに。教団への潜入調査だ。
久しぶりに現場復帰したヒューガも一緒だが、ボーっとしたり何かとおかしい･･･
またもルミアがついてくることに。

教団本部前に到着したが、さてどうやって潜入するか。
やはりここでもヒューガの様子がおかしい。
と、何やら本部があわただしい。混乱に乗じて潜入する3人だが、結局見つかってしまう。
衛士やマシナリーを倒し、奥の間へ進むことに。

＝3-A＝

マシナリーに護られた奥には、LSSらしき装置があった。
装置を調べる一行へ、イーサンが現れる。やはりイーサンが陽動してくれていたらしい。
ところが突然、装置が火を噴きだす。ヒューガが何か動かしていたようだが･･･
苦しみだすヒューガは、SEED・ヴェナスへと変容し襲い掛かってきた。

＝3-B＝

昏倒したヒューガは人間に戻った。やはりあの新型SEEDはヒューガだった･･･
イーサン曰く、SEEDウイルスに感染したものは無意識にSEEDを妨害するものを破壊するらしい。
確かにヒューガは朦朧としているくせに、装置発見をやたら急いでいたが･･･
気づくと、ヒューガはまた意識朦朧としたままいずこかへ逃げ去ろうとしていた。
助けようとするルミアに、イーサンは「巫女の救助を急ぐべきだ」と対立。
結局ヒューガの保護は叶わず、巫女の下へ急ぐことに。

＝後半＝

本部は光浸食された教団の実験生物たちで溢れかえっていた。
凍結トラップ・睡眠攻撃を潜り抜け、3人は巫女のいるであろう最深部へ向かう。

＝3-C＝

＝EP3第5章をクリア後、上記3-CをS評価クリアで追加イベント＝
焦るイーサンに、ルミアはらしくないと怒る。
何故こうも焦っているのか・・・イーサンもまた自身に違和感を覚えていた。
どうやら巫女が彼にとってとても大切な存在になっているらしいが・・・？

巫女の元へ急ぐ一行に、星霊主長ルツが現れる。
巫女には会わせられない、去れと取り付く島も無い。
対立の末、ついにルツはグラール教団の切り札・アルテラツゴウグを召喚、襲い掛かる。

＝3-D＝

教団の威信であるアルテラツゴウグを倒され、茫然自失のルツ。
そこへ目覚めた巫女が現れ、ルツを諭す。
ようやく幻視の巫女・ミレイは、元ガーディアンズのカレンであるとプレイヤーたちは知らされる。
自身は犠牲になってもいい、だがそれはグラール全体を救うためだ、と。
己を恥じいったルツは改心し、ガーディアンズとの共闘とLSS技術供与を確約する。
ライアからの通信が入り、ルツは協力を確約。

巫女はライアに新たな脅威の幻視を伝える。やはりあの謎のHIVEだ。
それは伝説に語られる暗黒惑星リュクロス。
グラールに覆いかぶさる暗雲が次第にその姿を明らかにしてきた・・・

＝前半＝

暴走していたカーツが復帰。
どうやらすべての同盟軍キャスト兵士には強制操作プログラムが組み込まれていたらしい。
場所は同盟軍本部、リニアラインの先の端末。ルウ・マヤ・プレイヤーの3人がパルムへ向かう。

＝4-A＝

同盟軍リニアライン、内部には暴走した同盟軍兵士たちが襲い掛かる。
MAPはルートが2択ランダムで選択されるが、フォトンに敏感なニューマンであるマヤが不穏な空気を感じる。
つまりマヤが嫌がる方のルートが正解ルートということになる。
最終エリアではヒューガとハウザーが。ハウザーはヒューガをSEED・ヴェナスへと変容させ襲わせてきた！

＝4-B＝

ヒューガを気絶させ確保、またルウにより暴走電波も停止した。一旦本部へと戻る。

＝後半＝

せっかく停止させた電波はまた再送信されている。あれは中継ポイントにすぎなかった。
どうやら発信源は海底にある中枢コンピューター、マザー・ブレインなのだ。
カーツの案内で、プレイヤー・カーツ・ルミアが海底プラントへ。

＝追加イベント＝
カーツのかわりにルウを同行させることもできる。
3-C後のイベントもほぼ同じだが、ルウがイーサンに特別な感情を感じていることが暗示される。
なおプレイヤーに対しては別段何もないらしい（涙）
最も、このルウはかつてイーサンによって助けられ廃棄処分を免れた個体なのだから、かもしれないが･･･
なお、ここで登場するルウは帽子が無く、戦闘スタイルが大剣を使うなどイーサンを模倣した特別モデル。

＝4-C＝

すっかり変質しHIVEそっくりになった同盟軍本部。躊躇なく暴走キャストを倒すカーツにルミアは違和感を覚える。
しかしカーツもまたイーサンたちとの出会いで、冷たい機械から心を持つヒトとして成長していたのだ。
3人はマザー･ブレイン破壊へ向かう。「母か、我々にはない概念だな。だがこんな母親はごめんだ！」

＝4-D＝

SEEDウイルスにより完全に暴走し、DFそっくりに変質したマザー・ブレイン。これで同盟軍は解放される！

後日、同盟軍の代表となったカーツは、ライアにガーディアンズとの共闘を確約。
グラールの心が一つになる時は近づきつつある。

＝クリア後、カーツのパトカを入手＝