＝前半＝

ネーヴ校長が復帰。ダルガン総裁が保護カプセルで助けてくれていたのだ･･･
復帰早々にモトゥブのイルミナス基地へ向かうことに。ガジェット量産計画があるのだ！

現地ではイーサンが合流、3人でイルミナス基地を進む。

＝5-A＝

MAPはイル・カーボ基地。
コンピューターに到着、プログラムを停止させようとするネーヴ･･･だがどうもてこずっている様子。
結局ルウ経由で停止させることに成功。しらけるプレイヤーとイーサン。
そこへマガシが･･･何人ものマガシが襲い掛かる！

＝5-B＝

マガシたちを倒した3人、だがその最後の通信からハウザーたちがこちらへ向かっていると知る。
ネーヴとイーサンはここに残って足止めをし、プレイヤーが単独で本部へ戻ることに。

＝後半＝

ネーヴとイーサンを助けるべく、再びイルミナス基地へ侵入するプレイヤー。今回はルミアが同行。
早くしなければ基地への爆撃が始まってしまう･･･

二人が到着した先は独居房エリア。そこで一人の男を救出する。
長年閉じ込められていたらしい彼は自らをダルガンと名乗り、別の牢獄棟へ案内してくれる。

＝5-C＝

元ガーディアンズらしいダルガンは、新たな世代のガーディアンズたちを心強く思う。
到着した牢獄で無事にネーヴ・イーサンを発見。
何とネーヴはその男を知っていた･･･彼こそイーサン兄妹の父親、オルソン･ウェーバーだった！
感動の父子再会も束の間、あのハウザーが現れる。
「ここまでだ、アークガルド！」「ヒューマン至上主義と共に地獄へ落ちろ！」

＝5-D＝

比較的広い閉鎖エリアでVSハウザー戦。メギドを放つデルプスラミィも出現するので注意。
ハウザーはタイラー同様に難易度Cでも非常にLvが高いので要注意。
タイラーと違い、こちらは倒さなければ話が進まない。

遂に宿敵ハウザーを倒し、力が抜けてしゃがみこむルミア。
プレイヤーはネーヴたちを助けようとするが、その瞬間ハウザーが最後の執念でルミアに襲い掛かる！
と、そこへ割ってはいるオルソン。スローモーションで殴りあうハウザーとオルソン･･･
家族を捨てて戦い続けた父オルソン・ウェーバーは、最後の瞬間まで家族のために戦い、力尽きた。

＝追加イベント（3章・4章の追加イベント経由後）＝
ハウザー戦後に倒れるのがルミアではなくオルソンに。
その後、襲われるオルソンへルミアが割って入り、ラ・フォイエ連発で何とハウザーを倒してしまう！
オルソンは重傷で気を失うも、辛うじて命は取り留めたのだった。

＝クリア後、ネーヴのパトカ入手＝

＝前半＝

ライア「キノコ狩りだ！！！」

Ω　ΩΩ　＜ちょｗｗｗｗ　おまｗｗｗｗ

LSS不足を補うための手段として、ハビラオ禁止区に自生する特殊キノコ採取を行うことに。
今回はマヤとルミアが同行するが、二人は何やら悪巧みを･･･？
現地で合流したイーサンとカレン。ルミアたちは二人を任務にかこつけてデートに仕上げようとしていた。
久しぶりなのでいまいち気まずい二人は、結局プレイヤーに同行するという形に。
それプレイヤーが一番気まずいんですが。

＝6-A＝

ハビラオ禁止区、キノコを採取しながら3エリアを進む。各エリア30を蒐集すればいいので目安になる。
行き止まりにあったり、影にかくれて見えない位置にあったりするので注意。
また、ダメージを受ける毒キノコも多数存在。ゴーグルで黒い煙が出ていればそれが毒。
毒は採取してもポイントに加算されないので無視すべし。
キノコの真偽の位置は変わらないので、2周もすれば覚えられるはず。

クリア後、プレイヤーはキノコ中毒で一休みすることに。
久しぶりに二人になったイーサンとカレンは昔を思い出し、再び昔のガーディアンズ時代の姿に。

＝追加イベント（2周目）＝
うとうとするプレイヤー、「眠らない」を選択するとイーサンとカレンのその後の会話を盗み聞きできる。

目を覚ましたプレイヤーに二人が駆け寄る。何かが来た･･･？

＝6-B＝

巨大ラッピー、ラッピー・イッグが襲い掛かる。

撃退後、ライアから通信が。イーサンは遂に原隊復帰を宣言する！

＝後半＝

ハビラオ･レリクス。
マヤ・ルミアと合流した3人。久しぶりのデートと二人を茶化すルミアたちにヒューガも合流。
そこへライアの通信が入り、指導教官から離れたルミアを咎め本部へ緊急招集する。

封印装置前。
イーサンとヒューガはお互いの過去を語り、カレンと3人の結束はまた強まった。
トムレイン博士の指示のもと、プレイヤーはイーサン・カレンと共に外のSEEDフォーム掃討へ。

＝追加イベント（7章クリア後）＝
6-Cの同行をヒューガ＆マヤに変更することが可能。

＝6-C＝

サグラキ保護区を回る、150体SEEDフォーム掃討作戦。
ブーマ・デルプスラミィ・ゴーモン（オルゴーモン）・ガルディン・コウマヅリと、エネミーは闇・氷のみ。
クリア後に次エリアへ進むのは任意操作になるので、その間に装備切り替えとPP補充を。

制御室ではルツたちが待っていた。やはり教団でも資金が足りず、LSSの数が足りないのだ…
それでもやれるだけのことをするしかない、ヒトの心で奇跡を起こすために。
そこにトムレイン博士からの通信が。スタティリアの集団が起動した！

＝6-D＝

ザムヴァパス、ライグタスの掃討。6-Cと逆にエネミーが光のみになるので装備変更に注意。

掃討後、トムレイン博士からモトゥブ支援要請の通信が入ったとの報告が。
今はプレイヤーがかつてのイーサンのように、中堅ガーディアンズとして頼りにされているのだ。

＝追加イベント（2周目）後、カレンのパトカ入手＝

＝前半＝

「ハーイ！グラールチャンネル5、キャスターのハルでーす！」

グラール各組織の協力やキノコ採取作戦にも関わらず、封印装置起動にはまだ出力が足りないまま。
合の時にはまだ予断を許さない状況が続いていた。
一方、GRMはヒューガが新社長に就任。企業の抜本的改革を公約するも明確な指針は示せないでいた。

モトゥブ、クグ砂漠。
プレイヤーは封印装置の元へとトムレイン博士を護衛してきた。
そこへ逃げてくる二人のローグス。
やけっぱちになって逃げ出そうとしていたのだ。
追いかけるボル兄弟、あいかわらず間抜けな調子だがタイラーの下で誇り高いローグスの魂は学んでいる様子。
レオとトニオも合流し、プレイヤーと3人で残るレリクスのSEED掃討に当たることに。
トムレイン博士はボル兄弟に護衛されて動力室へ急いだ。

＝7-A＝

クグ・レリクス内部は未だ多くのSEEDフォームが巣食っている。200匹の掃討作戦が始まった！

ようやく掃討を終了したものの、そこにボル兄弟から通信が。トムレイン博士がSEEDに襲われてケガを･･･？
動力室へ急ぐプレイヤーたち。だが動力室前の通路にもSEEDフォームの生き残りが！

＝7-B＝

動力室。
己の迂闊さにうなだれる兄弟、博士は大丈夫だと言って救護班を呼ぶことも断ったという。
駆けつけるプレイヤーたちとタイラー、リィナ。
博士は「私の贖罪だ」と、ケガを負った身に鞭打って封印装置の点検に向かう。
ライアと通信を取ったタイラーは、そんな博士の意向を了承する。
リィナの提案でガーディアンズが博士の護衛に着くことになり、プレイヤーも同行する。
汚名返上とついていく三兄弟。

＝追加イベント（1周目から発生、ここまでのEP3の追加イベント全部経由がフラグ？）＝
残ったトニオとリィナ。最近のリィナはタイラーを距離をとっているという。
先日のライアとタイラーの和解を見て、ただ彼にあこがれているだけの自分にタイラーの女房は無理と気づいたのだ。
やっと気づいたのかよ、とトニオ。彼はリィナのことを誰よりも理解している。
「俺のところに、来いよ」「･･･うん」
意外な返答に驚くトニオだが、会話は回線フルオープンでライアやレオたち皆に聞かれていた。
「また、合の時を成功させなくちゃならない理由ができたね」

＝後半＝

Gコロニー、G本部。
帰還したプレイヤーとトムレイン博士は、ミーナからヒューガがGRM社長になったと知らされる。
トムレインはミーナがヒューガへ恋心を抱いていると思ったが、「私は、ウェー･･･いえ」

総裁室。
ライア総裁へ、ヒューガとマヤが報告をしている。
到着するプレイヤーとトムレイン博士に、驚くべき知らせが。
何とLSSジェネレーターがあと35基も追加で準備できたのだという。
それはイルミナスへの加担の償いのため、ヒューガがGRMの私財を投げ打ったものだった。
キノコ分の余剰エネルギーはリュクロスの封印装置へ更に追加できる。希望が繋がった！
キニアンをGRMとの連絡役に任命し、ライアはプレイヤーや博士と共にパルムの封印装置へ。

パルム封印装置、動力室前。
プレイヤーとルミアが博士を護衛して到着すると、すでにライアも到着していた。
ニューデイズ、モトゥブの封印装置は間もなく準備完了。あとはこのパルムだけ。
本来はルミアと入れ替わりでライアがG本部へ戻る予定だが、ライアは「やり残した仕事がある」という･･･？
そこへ駆けつけるカーツ大尉。エネルギーチューブがSEEDの攻撃で破損してしまったのだ。
ルミアは連絡のため本部へ帰還し、カーツとライア、プレイヤーは動力源確保のためメルヴォア・シティ地下へ。

＝追加イベント（8章クリア後）＝
選択肢でルミアを博士の護衛として残すことが可能：ルミア誘拐ルート開始

＝7-C＝

EP1と同じような、各地に点在する動力スイッチを押して回るミッション。一本道なので難易度は低め。

無事起動を完了し、デネス湖へ着いた3人。そこへルウから緊急通信が。
制御室のチームがSEEDフォームに襲われ全滅、封印装置が停止した！
急ぎ制御室へ向かうライアたちだが、突然レリクスが覚醒状態に。誰かが封印装置を起動してくれたのだ！
息をつく3人に、ライアはこれがプレイヤーの起動警護部隊長への試験でもあったと明かす。
レオとトニオに頼んだところ、二人ともプレイヤーを推薦したのだった。
そこにレリクス覚醒で目覚めたディ・ラグナスが！

＝追加イベント（8章クリア後）＝
動力室、トムレイン博士を護衛するルミア。
孤独な身の上を話す博士に、ルミアは自分のおじいちゃんになってほしいと言う。
平和になったグラールでの希望を見出した二人の元に、大量のSEEDフォームが動力室を襲撃したとの知らせが。
退避を命じる同盟軍に対し、博士はルミアと二人で動力室奪還に向かう。
動力室。ルミアの必死の戦いで、なんとか無事に博士を護衛しきることができた。
だがそこへあのヘルガが！
ルミアを一蹴し、博士に迫るヘルガ。博士の機転で封印装置は起動に成功するも、博士も重傷を負ってしまう。
なお下記の封印装置前のイベントは、同盟軍兵士のかわりにルミアが倒れている。

＝7-D＝

あっけなくディ･ラグナスを撃退した3人。それだけプレイヤーが強くなっているのだ。
「アンタはもうアタシより強くなってんだよ、気づいてるだろ？」いやそれは最初から気づいて。
ライアは改めてプレイヤーを起動警護部隊長に任命する。
しかし封印装置を再起動したのは一体･･･通信を送るルウはライアだと思っていた。
制御室にトムレイン博士の姿がないが･･･もしや！？

封印装置。
やはりそこにいたのは、深く傷ついたトムレイン博士とたった一人の同盟軍兵士だった。
博士は大量のSEEDフォームの中に飛び込み、瀕死の重傷を負いながらも再起動させたのだ。
虫の息の博士は、それでも護衛をしていた同盟軍兵士を気遣う。彼はなんとか救えそうだ。
「もう二度と私のために命が失われてはならない・・・」
駆けつけるイーサンとカレン、だが博士の傷はあまりに致命的であった。
「グラールの未来を･･･」
メルヴォア・エクスプロージョン、そしてガジェット。
科学に身を捧げ、望まずして多くの命を奪ってしまったトムレイン博士は、多くの命を救った封印装置の光の中で逝った。

G本部。
トムレイン博士に黙祷し、ライアはリュクロスにある最後の封印装置へと向かう最終作戦を宣言する。
幻視の巫女、イーサン、ガーディアンズを辞めたがオブザーバーとしてヒューガ。
そしてプレイヤーとルミア。
グラールを救う最後のミッションが始まろうとしていた。

＝追加イベント（第8章クリア後）＝
オロール展望台のルミア。プレイヤーに博士を助けられなかったことを悔やみ、戦うことに迷っていると告白する。
説得するプレイヤーに、ルミアは時間が欲しいと一人立ち去る。
突然の停電、ルウからの通信。ヘルガがコロニーを襲撃、ルミアを連れ去った･･･！

＝追加イベント後（リィナとトニオの会話）、リィナのパトカ入手＝

＝前半＝

「ハーイ！グラールチャンネル5、キャスターのハルでーす！」

ヒューガの協力でLSSは順調に揃い、幻視の巫女も同盟軍護衛の中ご出陣！
遂にリュクロスにある最後の封印装置起動へ最後の作戦が開始されます！

＝追加イベント（ルミア誘拐）＝
下記の前にルミアがまだ見つからないとの会話が入る。このことはライア・ネーヴ・ルウ・プレイヤーの
間だけに伏せておかねば、イーサンたちにも大事な作戦前に心配をかけてしまう。
残念ながらルミアの捜索は打ち切られ、下記のリミッター作戦に入る。
なおランディール号前でルミアが発言する場面は、代わりに同じ台詞をリィナが言う。
またミーナやイーサンがプレイヤーが悩んでいると気づく台詞も追加。
イーサンには「ルミアは力不足なので残す」という話になっているようだ。
リュクロスで最初に駆けて来るのがプレイヤーになるなど、細かい変更箇所は多いが展開は代わらない。

G本部。
ネーヴとライアに呼び出された主人公は、封印装置ジェネレーターのトランスミッター護衛を任される。
GRM全面協力の下で、ガーディアンズは危険な任務だけに集中できるのだ。
ヒューガから通信が入り、ランディール号の待つモトゥブへ。
と、そこへライアから追加で任務が。本部受付のミーナを連れて行って欲しいという。

モトゥブ、ランディール号ドック。タイラー以下ローグスとイーサンたちが待っている。
ミーナはリィナと共にモトゥブのレリクスへ。
本当はボル兄弟がレリクスの担当なのだが、巫女を支援する祈りの輪は女性の方がよい、とのことらしい。
リュクロスへ同行するボル兄弟はなにやら不満顔。「TV中継がないんだな･･･」
ヒル・ボルの病気の母親が、自分たちの雄姿を心待ちにしているというのだ。
するとタイラーは、この作戦が成功したらランディール号をやる、というのだ。
俄然やる気を出す兄弟。心配するイーサンだが、タイラーは平和になればもう船も要らない、という。

G本部。ランディール号のカレンからリュクロス到着の報告が。
デネス・レリクスのルウ、ハビラオ・レリクスのマヤ、クグ・レリクスのリィナたち。
あとはリュクロスの準備が整い次第、カレンが詠唱を開始、それに同調して祈りをささげればよい。

リュクロス。レリクスに酷似した構造をしているが、何とリュクロスはレリクスと同じ文明の宇宙要塞だったという。
太古、太陽系外から飛来した暗黒神ダーク･ファルスとの遭遇がすべての始まり。
自身以外のすべての生命体を死滅させる本能だけを持ち、無限にSEEDを産み続ける、ダーク･ファルス。
太古の文明は3惑星のレリクスとリュクロスをつくり「合の時」を向かえ、封印に成功した。
それがカレンの語る、トムレイン博士の残した封印戦争の真実だった。
更にー博士の憶測らしいがー当時の人類はSEED封印には成功したものの、DFはAフォトンリアクターに寄生したまま
完全には倒すことはできなかったのではないか、という。ゆえに人類は文明を放棄せざるを得なかったのだ。
ダーク・ファルスとダルク・ファキス、奇妙に似た名前。エンドラム機関はこれらの真実に気づいていたのか…？

＝追加イベント（2周目・ボル兄弟ルート）＝
ヒューガからトランスリミッターの話が聞ける。マヤ開発のものをヒューガがGRMの資金で実現させたらしい。
「この身をSEEDに変えられたんですからね」
それはまた、タラギ教授へのマヤの想いでもあったのだ。
また、下記イベント後にボル兄弟がA班として先行したいと言い出す。ひとり立ちの機会を与えて欲しいのだ。
プレイヤーの判断でボル兄弟と＜8-A＞をプレイ可能。
無事にサクセス達成し、喜ぶ三兄弟。何とノ・ボルは、ランディール号で運送屋をはじめるのだという。
そしてその稼いだ金で･･･
「カジノ・ボルワイヤル！　平和になった世界に娯楽を提供するサクセスの殿堂だ！」
合流したイーサン・カレンと共に制御室へむかうプレイヤー。
そのまま中継ポイントへ。

プレイヤー隊長の指揮の下、プレイヤー・イーサン・カレンのA班とタイラー・ヒューガ・ルミアのB班がリミッター起動担当。
結局ついてきたボル三兄弟はランディール号護衛と中継を担う。

＝8-A＝

接続作業を行いつつ道中のSEEDフォームを撃退する。
散在する端末を任意で選び起動させ、フォトンの流れ＝MAP上の青線を繋げるのが目的。
フォトンなので進入できない崖や壁も貫いて最短距離で繋がるが、起動数は最短分しか起動できないので注意。
2MAP分クリアすれば終了。

一足先に終了したプレイヤー一行、カレンの準備のため制御室へ。

＝後半＝

＝追加イベント（ルミア誘拐）＝
冒頭の通信の際にプレイヤーの様子がおかしいとライアに言うイーサンたちの会話が追加。
この時点では皆とぼけてあやふやのまま。

本部からの通信。イーサンに檄を飛ばすライア。制御室まであと一息だ。

＝8-B＝

先遣隊も行ったことの無いルートを、カレンを護衛しつつ進む。
基本一本道を進むだけながら、狭い範囲に大量にエネミーが沸くので厄介。
特に最後のエリアは非常に狭い上にキャリガインがデルジャバン多数と同時、しかも安地は一定時間で即死罠と
非常に厳しい戦いになる。エネミーは闇オンリーなので、それだけは楽か。

＝追加イベント（2周目・5章オルソン生存ルート経由）＝
＜8-B＞終了後、3人の前にハウザーが！
SEEDあるかぎり死ぬことは無い、すべてを消滅させることだけがSEEDの意思だと語るハウザー。
イーサンとプレイヤーはバリアの中に閉じ込められ、昏倒させられてしまう。
その頃、行方不明になったカレンたちを心配するルミアたち。そこへ本部からある人物が駆けつけた･･･
気が付いたプレイヤーとイーサン。DFイカダの上だ。
ハウザーは「幻視の巫女の命が惜しくば自らSEEDと融合せよ」と脅してきた。
不安、憎悪、それら負の感情がSEEDとの融合を促進するのだ！
赤ヘルガの亡霊と一体化しそうになる二人･･･そこへオルソン・ウェーバーことトーサンからの通信が！
破滅を拒む、生きる意志がSEEDを跳ね除けるのだ！
トーサンにより助けられる二人。この場所はかつてトーサンが発見し、DFを浄化しようとしていた場所だった。
そこへ再びハウザーが。ここにいる二人を殺し、一人を人質に今度はルミアを寄り代にしようというのだ。
今こそ決着の時（BGM：無印OP）！！
＜VSハウザー＞
撃退後、今度はハウザーは自ら精子DFの寄り代になり再戦。
＜VSダーク･ファルス第一形態＞
ハウザーDF撃退後、一行はカレンとルミアに合流。
だがトーサンの体はもう限界。それでもすべてを見届けようと、死を覚悟して残ろうとするトーサンだったが
ルミアの必死の説得に、亡き妻エレンの面影を見る。ルミアと二人でおとなしく同盟軍艦へと戻ることに。

＝追加イベント（ルミア誘拐）＝
ヘルガからプレイヤーの通信機へ極秘通信が。ルミアを人質に一人でこいと脅してくる。
何も知らないイーサンたちと別れ、駆けつけた指定先にはあのハウザーが！
バリアに閉じ込められたプレイヤーはハウザーレーザーで倒されてしまう･･･
DFイカダ上のルミアとヘルガ。プレイヤーはオマエのせいで死んだ、と二人はルミアを責める。
悲嘆に暮れるルミアへSEEDヘルガが取り付く･･･
目を覚ましたプレイヤー、イーサンとカレンが助けに来てくれた。ライアから事情を聞いて戻ってきたのだ。
カレンはルミアのフォトンが異常反応をしていることに気づく。
次の場面でもうDFイカダへたどり着いている3人（笑）
ルミアはSEEDヘルガによってDFの依り代として準備され、そしてハウザーが自ら身を捧げれば完成するという。
ハウザー生身戦は無くすぐに精子DF戦。
＜VSダーク･ファルス第一形態＞
撃破後、つらい気持ちを抑えて制御室へ向かう3人。

制御室。各惑星の準備も完了した。
カレンは巫女ではなく、カレン・エラという一人の人間として祈りをささげたいという。
そして起動･･･リュクロスから封印装置が起動、3惑星と連動した強大な魔方陣は無数のHIVEを吹き飛ばした！

喜びに沸くグラール。そこへ謎の声が響く･･･

「キサマらも道連れにしてくれるわ！」

＝8-C＝

湾曲空間に引き込まれた3人は、ダーク･ファルス第二形態と戦う。これがすべての元凶だ！

撃破後、気づくと元の制御室へ。消耗しきったカレンだが、そこへタイラーから全員緊急脱出の知らせが。
リュクロスが崩壊を始めた･･･！？
倒れたカレンに駆け寄るイーサン、そこへ崩壊するリュクロスのガレキが。二人とプレイヤーが分断された！
「もう離れない」とイーサン、プレイヤーはやむを得ず助けを呼びにランディール号へ駆け戻るが･･･

ランディール号。ヒューガとライアから声がかけられ、プレイヤーは目を覚ます。
ボル兄弟が倒れていたプレイヤーをたすけてくれたらしいが、やはりあの二人は･･･
ルミアたちから通信が入る。「信じる心が奇跡を起こすんです！」

宇宙を漂うイーサンとカレン。光の中のミレイに導かれ、二人は皆が待つランディール号へと飛ぶ。
「守るべきもの、グラールの光を絶やさせはしない！」
（なおこれは無印の頃からデータに入っていた。没ムービーの再利用と思われる）

＝追加イベント（ルミア誘拐）＝
封印装置起動後、ルミアの声が響く。「もう抑えられない･･･！」
＜8-C＞
DF撃破後、湾曲空間の3人。イーサンは力尽き気を失う。そこにルミアからの通信が。
ここはDFが作り出した湾曲空間。ここに逃げ込むことでDFは封印から免れていたのだ。
DFもハウザーもヘルガも消滅し、ルミアは開放され、今はDFの記憶から再生されたという空間にいる。
プレイヤーへの感謝を伝え、ルミアとの通信は途絶える･･･
プレイヤーはカレンの力を借り、DFの記憶の空間へと飛ぶ･･･
森。洞窟。坑道。そして遺跡。駆け抜けるプレイヤー。
遺跡の奥で、ルミアは脱出を諦め、皆の無事を祈っていた。
そこへプレイヤーが（BGM：ED）･･･
グラール中の祈りを感じ、ヒトの可能性を信じて、二人は･･･
〜ED〜
後日。G本部から二人で任務へ向かうプレイヤーとルミア。
ルミアの説明的台詞によると、あの後リュクロスで力尽きていた二人をトーサンが助けてくれたらしい。
新たな3惑星同盟が結ばれ、カレンはミレイの死を公表・謝罪、グラールに巫女はもういらないと巫女を辞任。
そしてプレイヤーもまた、隊長の地位をトーサンに譲ったのだという。
「さあ、急ぎましょう！私達の助けをまっているヒトがいる！」

その後の話やDFの封印・ラグオルのストーリー上の説明など、ルミア誘拐ルートが真EDとも言える。

＝ED＝

＝追加イベント後（ボル兄弟ルート）、ボル3兄弟のパトカ入手＝
＝追加イベント（2周目・5章オルソン生存ルート経由）、オルソンのパトカ入手＝