>第一章「仮面の少女」<　　　>第二章「砂塵の奥」<

>第三章「HIVE掃討作戦」<　　>第四章「陰謀の影」<

>第五章「疑惑の渓谷」<　　>第六章「ヒューガ救出作戦」<

>第七章「星霊祭妨害計画」<　　>第八章「破滅への閃光」<

>第九章「殲滅の代償」<　>第十章「イルミナスの野望」<

>第一章「絶望と希望」<　　　>第二章「それぞれの再興」<

>第三章「星霊の願い」<　　>第四章「母への絶縁状」<

>第五章「野望の果て」<　　>第六章「フォトン採取作戦」<

>第七章「リュクロスへの道」<　　>第八章「For brighter day」<

＝前半＝

シナリオの解説。

＝1-A＝

途中で戦闘ミッションがある場合、このように表記。
下段にて対応した数字の箇所に攻略情報。

＝後半＝

＝1-B＝

ミッションクリア後のエピローグ。

＝パトカ入手の場合は最後に記載＝

＊既にそのキャラのパトカを持っていた場合は「パトカ入手しました」と表示されるだけで
バージョンアップや複数入手などは無し

＝推奨Lv＝
各章・難易度Cを安定してクリア可能であろう最低限のLv（上げれば上げるだけ楽）
あくまで目安ですので職・種族で差があります、あくまで参考までに

＝1-A＝
登場エネミーなどを記載。
重要な注意事項、事前の準備品などは赤文字。
多少重要度は低いものの注意したい事項は黄色で記載。

＝1-B＝
〜

オフラインのPSU本編ストーリー（一人用のオフライン専用モード）は「ストーリーモード」と呼ばれる。
オンラインの世界はこれの数ヵ月後に位置し、ここでもPSUの「ストーリー」が展開する。
これが「ストーリーミッション」（ストミ）と呼ばれるもので、プレイヤーは指導教官ライアと共に
グラール太陽系の新たな物語に巻き込まれてゆく。

ゲーム的には「一人用のストーリー重視短編ミッション」で、他のプレイヤーと一緒に遊べない代わりに
ライアやルウ、ヒューガ、時にはカーツやトムレイン博士といったNPCが複数人同行する。
タイムトライアルステージなどが設けられており、短時間でクリアすればフリーミッション同様に報酬が貰える。

難易度はC〜Aまでを事前に選択可能で、難易度AをS評価クリアすればPAフラグメントが貰える。
第一章をクリアすることで第二章、第二章クリアで第三章・・・と順番に受諾可能ミッションが開放される。

ミッションは前半と後半に別れており、前半をクリアすると専用の中継ロビーに到着する。
フリーミッションの中継地点同様、PA回復ポイントやショップもあるので、ここで体制を立て直せる。
またこの専用ロビーには月下のミズラキ保護区など、風光明媚なものも用意されている。
その先にあるゲートから後半戦ミッションを受諾でき、ミッション失敗の場合はこの中継ロビーから再開となる。
一度後半戦までクリアすれば、そのミッションは何度でも繰り返し受けることが可能。

PSOの頃はシナリオ進行フラグは難易度ごとで、例えば難易度Cを一通りクリアしても難易度Bはまた最初から。
さらにその難易度で全部のミッションをクリアしないとクリア済ミッションは再挑戦不可能･･･という面倒なものだったが
PSUでは難易度関係なしのミッションクリアでシナリオ進行フラグが立ち、最受諾も最初から自由になっている。
（つまり難易度Cで「第一章」をクリアすれば、「第二章」は難易度CでもBでもAでも任意に選んで進行が可能）
これによって、Lvさえ上げれば誰がどんなプレイスタイルでもシナリオ進行自体はできるようになった。
もちろん高難易度になれば道中のドロップやクリア報酬は大きいが、シナリオ自体には変化はない。

またストーリーは一本道で、道中に選択肢などはなく、クリア評価がAでもCでも同じである。
このあたりは「アクションが苦手でも十分楽しめるRPG」であることへの救済策であろう。
（PSOの頃は分岐フラグやNPC死亡などの進行内容でその後のサイドストーリーのシナリオが変化した）

なお、一度そのミッションをクリアすれば、次のミッションで失敗して再挑戦する場合に
スキップできるミッションも一部存在する。ストーリーを盛り上げるための通り道的なものが多い。

難易度について
PSUは「操作技術が必要なアクションゲーム」ではなく「ヒーローごっこを楽しむRPG」であり
ここでは「ストーリーを消化するための攻略」として、難易度Cの攻略を基本にして紹介します。
ただし上位難易度の場合に特記すべき情報があれば追記してあります。